Fue fundado con toda probabilidad en octubre de 1894 por Francisco Granadino junto a Augusto Krahe García (1867-1930), cuando eran alumnos de la Escuela de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos de Madrid, y como periódico de divulgación científico-técnica estuvo dirigido a ingenieros de todas las especialidades y escrito en gran parte por ellos, a través de un amplio abanico de temas y disciplinas. Al principio se subtitula “revista de ciencias, ingeniería y electricidad”, en un momento en que esta última industria se encontraba en pleno desarrollo, saliendo con una periodicidad semanal (los domingos), y a comienzos de la nueva centuria se autodefine como “revista decenal ilustrada” (apareciendo los días 10, 20 y 30 de cada mes), cuando se le da mayor relieve en sus páginas a las ilustraciones y especialmente a las fotografías. A partir de 1917, y hasta su desaparición en la primera quincena de septiembre de 1936 y tras cuarenta y tres años de vida, su frecuencia será quincenal. Apareció en números de doce páginas, que después fue aumentando y variando.
Sobre todo publica artículos relativos a las ingenierías y obras públicas, pero también otros de carácter teórico como los matemáticos, siendo muy abundantes los que se opusieron a la relatividad que, a partir de 1921, disminuyeron por los favorables a esta teoría. Inserta artículos y noticias sobre caminos, canales, puertos, pantanos, faros, carreteras, ferrocarriles, tranvías, navegación, industria, maquinaria, inventos, electricidad, telegrafía, montes, política forestal, minas, agronomía, geografía, política presupuestaria, concursos, subastas públicas, constitución de sociedades mercantiles, etc. También dedica amplio espacio a las cuestiones profesionales, especialmente a la enseñanza en las escuelas técnicas y facultades de ciencias, movimiento de personal del cuerpo de ingenieros y ayudantes, tanto civil como militar, cuestiones laborales, disposiciones oficiales, concursos, etc. Asimismo publica semblanzas biográficas y necrológicas. En sus páginas José Echegaray publicará parte de su autobiografía (Recuerdos). Tiene secciones de revista de prensa española y extranjera, y reprodujo traducciones de artículos de revistas extranjeras. También insertó amplia publicidad comercial. Sus textos estuvieron acompañados de fórmulas matemáticas, dibujos, croquis, esquemas, mapas y fotografías.
Al principio aparece como director Rafael Palacios del Valle y como redactor jefe, Luis de la Peña y Braña, ambos ingenieros de minas. En 1897, cuando la tirada de la revista es de unos 2.000 ejemplares, es Granadino quien ocupa este puesto, siendo sustituido pronto por Krahe. A principios de siglo Granadino le ofrece la dirección a Federico Lafuente, que después será asumida también por Krahe. Se ha señalado que Madrid científico fue una revista generalista de talante abierto y polémico y que en ocasiones fue crítica con las instituciones y órganos oficiales.
Al traspasar el siglo editó conjuntamente un suplemento de cuatro páginas con el título El ingeniero, en donde incluye los artículos e informaciones de carácter profesional, dejando el cuerpo de la revista para los artículos teóricos y de divulgación científico-técnica e industrial. Durante sus últimos años de edición disminuyen drásticamente sus ilustraciones y fotografías. La colección de la Biblioteca Nacional de España empieza en 1897 y está falta de los años 1921-1922.